Het IITh heeft een bestuur dat verantwoordelijk is voor het beleid en de financiën van het instituut.

De verantwoordelijkheid voor het onderwijsprogramma ligt bij prof. Jan van ’t Spijker (rector) en dr. Marco de Vos (conrector/onderwijscoördinator). Zij zorgen voor de afstemming met het team van ervaren en bevlogen (gast)docenten en voor de begeleiding van de studenten.
Een Raad van Advies ondersteunt bestuur en rectoraat. Deze Raad bestaat uit vertegenwoordigers vanuit de betrokken geloofsgemeenschappen en theologen van diverse universiteiten en hogescholen.
Alle bestuursleden, rectoren, docenten en leden van de Raad van Advies van het Institute for Intercontextual Theology bieden hun diensten op vrijwillige basis aan.
Bestuur:
- J.D. Louis, bestuursvoorzitter
- drs. J.I. Huliselan, secretaris/penningmeester
- ds. C. Parinussa
Rectoraat:
- Dr. J. van t Spijker, rector
- Dr. M. de Vos, conrector
Raad van Advies:
- Dr. M. Jansen, Professor emeritus Theology of Mission, PThU (voorzitter)
- Drs. M. Timmermans, Teamleider Theologie en Levensbeschouwing, Hogeschool Windesheim
- Dr. S. Ekpo, Relatiebeheerder Migranten- en Internationale Kerken, Nederlands-Vlaams Bijbelgenootschap
- Ds. O.Ruff, Emeritus geestelijk verzorger en medeoprichter Moluks Theologisch Beraad